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Les cascades de Mitogen-Activated Protein Kinases (MAPKs) sont présentes chez tous les eucaryotes et permettent la transduction des signaux de l’extérieur vers l’intérieur de la cellule. Chez les végétaux, elles sont très abondantes et actives dans une multitude de processus, autant lors de la réponse aux stress que lors du développement. Elles fonctionnent comme un système de phosphorelais, se transférant un groupement phosphate d’une protéine à l’autre, de la MAPKKK à la MAPKK (MKK), puis de la MKK à la MAPK (MPK) et finalement, de la MPK vers des facteurs de transcription ou toute autre protéine qui permettra un changement au niveau de la réponse cellulaire. Depuis quelques années, plusieurs membres de la grande famille des MAPKs ont été étudiés pour leur rôle dans la reproduction sexuée des végétaux. Des mutants ont été caractérisés, mais jusqu’à maintenant, peu de voies complètes ont été décelées. Des précédents travaux dans le laboratoire ont démontré que deux MAPKKKs, de la sous-famille des MEKKs, ScFRK1 et ScFRK2, sont importantes pour le développement normal de l’ovule et du pollen chez Solanum chacoense, une espèce de pomme de terre sauvage diploïde. Sachant que les mutants des gènes les plus orthologues chez Arabidopsis thaliana ne possèdent pas les mêmes phénotypes, nous avons émis l’hypothèse que les Solanacées, du moins S. chacoense, possèdent une famille de MAPKKKs différente, qui n’est pas présente chez A. thaliana. Nous avons donc analysé les génomes/transcriptomes/protéomes de 15 espèces issues de différents clades du règne végétal afin d’étudier les relations phylogénétiques à l’intérieur de la sous-famille des MEKKs. Cela nous a permis d’observer que ScFRK1 et ScFRK2 ne sont pas seuls, mais sont inclus dans un groupe monophylétique que nous avons nommé la classe des FRKs (FRK pour Fertilization-Related Kinase). De plus, nous avons observé une expansion considérable de cette classe chez les Solanacées, comparativement à d’autres dicotylédones comme le peuplier, la vigne ou le coton. La classe des FRKs est absente chez les monocotylédones étudiées (riz et maïs) et ne possède qu’un seul membre (une FRK primitive) chez l’angiosperme basal Amborella trichopoda. Cette analyse phylogénétique des MEKKs nous a poussés à nous poser des questions sur l’origine de la classe des FRKs ainsi que sur son rôle au sein des Solanacées. Dans un deuxième temps, nous avons fait la caractérisation fonctionnelle de ScFRK3, un troisième membre de la classe des FRKs chez S. chacoense, aussi impliqué dans le développement des gamétophytes mâle et femelle. Du patron d’expression jusqu’à l’établissement d’une voie de signalisation potentielle, en passant par la caractérisation phénotypique des mutants, plusieurs expériences ont été réalisées dans le but de comprendre le rôle de ScFRK3 au niveau de la reproduction chez S. chacoense. Dans un contexte plus global, il est important de se questionner sur les rôles semblables, mais forcément différents, des trois membres de la famille FRKs qui ont été caractérisés jusqu’à présent. Mitogen-Activated Protein Kinases (MAPKs) signaling cascades are found in all Eucaryotes and allow signal transduction from the outside of the cell to the inside. In plants, they are particularly numerous and play roles in several signaling processes, including stress responses and response to developmental cues. Their system involves a phosphorelay: they interact with each other to transfer a phosphate group. It starts with an activated MAPKKK, which transfers the phosphate group to a MAPKK (MKK), then this MKK transfers the signal to a MAPK (MPK), which ends this relay by phosphorylating transcription factors or any other proteins that will, in a way or an other, change the cell response according to the signal. During the last few years, many MAPKs members have been studied for their role in plants sexual reproduction. Some mutants were characterized, but until now, our knowledge of complete signaling cascades is very limited. Previous studies in our lab have shown that two MAPKKKs from the MEKK subfamily, ScFRK1 and ScFRK2, are important for male and female gametophytes development in Solanum chacoense, a wild diploid potato species. Genes that are the most orthologous to ScFRK1 and ScFRK2 in Arabidopsis thaliana, AtMAPKKK19, 20 and 21, do not seem to play the same roles in reproduction, which led us to make the hypothesis that in solanaceous species, at least in S. chacoense, there is one MAPKKK family that is different and not present in A. thaliana. At first, we did analyze the genomes/transcriptomes/proteomes of 15 species from different clads of the plant kingdom to find all the members of the MEKK subfamily of MAPKKKs in order to study their phylogenetic relationship. We then observed that ScFRK1 and ScFRK2 are included in a large monophyletic group which was called the FRK class (Fertilization Related Kinase). Moreover, we also observed that this class has considerably expanded within the solanaceous species, compared to other species like A. thaliana, poplar, cotton or grape vine. The FRK class is totally absent in the monocot species studied (rice and maize) and only one member is found in the basal angiosperm Amborella trichopoda. This phylogenetic analysis led us to ask questions about the origins of the FRK class and its role inside the Solanaceae family. Secondly, we characterized ScFRK3, a third member of the FRK class in S. chacoense, which is also involved, as its two FRK sisters, in male and female gametophytes development. From its expression pattern to the establishment of a potential signaling cascade, analysis and phenotyping of ScFRK3 mutant lines, many experiments were realized in order to understand the role of ScFRK3 in S. chacoense sexual reproduction. Overall, the appearance of this new and expanded class of MEKKs questions its specific role in comparison to other species that have much lesser members, mainly when compared to the model plant A. thaliana, which harbor only a fifth of the FRKs found in solanaceous species.

On note de nos jours une intensification, aux États-Unis, de l’usage de la race en santé publique, une idée qui est parfois rejetée dans la mesure où elle est associée à des pratiques controversées. Les races sont vues, dans ce contexte, comme le produit du racisme, une technologie du pouvoir de l’État moderne qui a consisté à fragmenter l’humanité pour permettre les colonisations. C'est ainsi que la race a été prise en charge par le discours pour marquer la différence, discours qui est constitué d'un ensemble hétérogène de dispositifs, des institutions, des énoncés scientifiques, des normes et des règles. Le racisme s’est développé en parallèle avec l'affirmation d'un pouvoir sur la vie visant à assurer la gestion des corps et des populations, notamment par le biais des pratiques de santé publique. Cette thèse s'appuie sur une étude ethnographique réalisée sur un corpus de documents de la santé publique parus aux États-Unis et issus de bureaux fédéraux et d’une importante revue spécialisée dans le domaine sanitaire, et qui ont été publiés entre 2001 et 2009. Cette étude a analysé la manière dont la race est représentée, produite comme objet de connaissance, et régulée par les pratiques discursives dans ces documents. Les résultats confirment que le discours sur la race varie au cours du temps. Toutefois, les résultats indiquent la relative permanence en santé publique d'un régime racialisé de représentation qui consiste à identifier, à situer et à opposer les sujets et les groupes à partir de labels standardisés. Ce régime est composé d'un ensemble de pratiques représentationnelles qui, couplées aux techniques disciplinaires et à l’idée de culture, aboutissent à la caractérisation et à la formation d’objets racialisés et à des stéréotypes. De plus, cet ensemble d’opérations qui fabrique la racialisation, a tendance, avec la sanitarisation et la culturalisation, à naturaliser la différence, à reproduire l’ordre symbolique et à constituer les identités raciales. Par ailleurs, la racialisation apparaît tiraillée entre un pouvoir sur la vie et un pouvoir sur la mort. Enfin, cette étude propose une alternative postraciale qui envisage la constitution des groupes humains de manière fluide et déterritorialisée. At present one can note an intensification of the usage of race in public health in the United States, an idea that is sometimes rejected because of its association with controversial practices. Races are viewed, in this context, as the product of racism, a technology of power of the modern State that consisted of fragmenting humanity to permit colonisations. Thus, race has been established within the discourse to mark difference, discourse that consists of a heterogeneous ensemble of apparatuses, institutions, scientific statements, norms and rules. Racism developed concomitantly with the affirmation of power over life aimed at ruling out bodies and populations through public health practices among others. This thesis is based on an ethnographic study of a corpus of public health documents in the United States from federal Government offices and a major public health journal published between 2001 and 2009. This study analyzed the ways in which race is represented, produced as object of knowledge, and regulated by discursive practices in these documents. The results confirm that the discourse on race varies throughout time. Hence, results indicate the relative permanence of a racialized regime of representation that consists of identifying, situating and opposing subjects and groups based on standardized labels. This regime constitutes an ensemble of representational practices which, together with disciplinary techniques and the use of culture as an idea, lead to the characterization and formation of racialized objects and stereotypes. Also, these operations that fabricate racialization, tend, together with medicalization and culturalization, to naturalize difference, reproduce the symbolic order, and constitute racial identities. On the other hand, racialization appears to be torn between a power over life and a power over death. Finally, this study suggests a post-racial alternative that envisages human group constitution as fluid and deterritorialized.

La génération automatique de texte (GAT) a comme objectif de produire du texte compréhensible en langue naturelle à partir de données non-linguistiques. Les générateurs font essentiellement deux tâches : d’abord ils déterminent le contenu d’un message à communiquer, puis ils sélectionnent les mots et les constructions syntaxiques qui serviront à transmettre le message, aussi appellée la réalisation linguistique. Pour générer des textes aussi naturels que possible, un système de GAT doit être doté de ressources lexicales riches. Si on veut avoir un maximum de flexibilité dans les réalisations, il nous faut avoir accès aux différentes propriétés de combinatoire des unités lexicales d’une langue donnée. Puisque les verbes sont au coeur de chaque énoncé et qu’ils contrôlent généralement la structure de la phrase, il faudrait encoder leurs propriétés afin de produire du texte exploitant toute la richesse des langues. De plus, les verbes ont des propriétés de combinatoires imprévisibles, c’est pourquoi il faut les encoder dans un dictionnaire. Ce mémoire porte sur l’intégration de VerbNet, un dictionnaire riche de verbes de l’anglais et de leurs comportements syntaxiques, à un réalisateur profond, GenDR. Pour procéder à cette implémentation, nous avons utilisé le langage de programmation Python pour extraire les données de VerbNet et les manipuler pour les adapter à GenDR, un réalisateur profond basé sur la théorie Sens-Texte. Nous avons ainsi intégré 274 cadres syntaxiques à GenDR ainsi que 6 393 verbes de l’anglais. Natural language generation’s (NLG) goal is to produce understandable text from nonlinguistic data. Generation essentially consists in two tasks : first, determine the content of a message to transmit and then, carefully select the words that will transmit the desired message. That second task is called linguistic realization. An NLG system requires access to a rich lexical ressource to generate natural-looking text. If we want a maximum of flexibility in the realization, we need access to the combinatory properties of a lexical unit. Because verbs are at the core of each utterance and they usually control its structure, we should encode their properties to generate text representing the true richness of any language. In addition to that, verbs are highly unpredictible in terms of syntactic behaviours, which is why we need to store them into a dictionary. This work is about the integration of VerbNet, a rich lexical ressource on verbs and their syntactic behaviors, into a deep realizer called GenDR. To make this implementation possible, we have used the Python programming language to extract VerbNet’s data and to adapt it to GenDR. We have imported 274 syntactic frames and 6 393 verbs.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Avec l’accélération de la production narrative au vingt-et-unième siècle, ainsi que les tentatives d’appropriation des moyens de production et des mythes collectifs par le marché, il y a lieu de questionner l’effet des nouveaux mythes sur la psyché humaine. L’ingestion persistante et soutenue de récits infusés de symboles capitalistes produit une mutation de la subjectivité humaine, dans un mouvement vers une certaine homogénéité. Par une relecture de la Poétique d’Aristote, la première section de cette thèse propose une vision politique de la catharsis, qui théorise le récepteur de toute narration comme programmable et pouvant être guidé vers des attitudes et des postures. Cette conception mène directement à une définition machinique du récit et la notion d’asservissement machinique, qui conçoit la subjectivité humaine comme engagée dans des processus de connectivité où elle perd certains fragments de son unicité. La troisième foulée de cette thèse théorise la société de contrôle de Deleuze et ses héritiers conceptuels, le capitalisme de surveillance et l’ectosubjectivité. Ces deux notions tentent de percevoir le régime de pouvoir du vingt-et-unième siècle, fondé sur les données personnelles et la standardisation de la psyché humaine. Finalement, le quatrième et dernier chapitre de cette recherche se penche sur la notion de vérité telle que décrite par Michel Foucault dans Le Courage de la Vérité. Dans la notion Grecque, et particulièrement son développement platonicien, de parrhēsia, Foucault identifie l’homogénéité d’une vérité basée sur une hiérarchie éthique, et son renversement par les Cyniques en animalité assumée qui ouvre de nouveaux territoires d’existence et de vérité. En somme, ce renversement nous permet de concevoir ce que serait une existence libre, hors d’un régime de vérité qui désubjective et rend homogène. With the acceleration of narrative production in the twenty-first century, as well as the attempted appropriation of means of production and collective myths by market economy, there is an increasing need to question the effect of these new myths on the human psyche. The persistent and sustained ingestion of narratives infused with capitalist symbols produces a transformation of subjectivity, which mutates from unicity to increased standardization. Through a rereading of Aristotle’s Poetics, the first section of this thesis offers a political conception of catharsis that theorizes the receiver of narratives as programmable and guidable towards attitudes and postures. This conception leads directly to a machinic definition of the narrative and the concept of machinic enslavement. These concepts conceive of human subjectivity as engaged in processes of networking where it loses fragments of its unicity. The third chapter of this thesis theorizes Deleuze's society of control and its conceptual successors, surveillance capitalism and ectosubjectivity. Both these concepts attempt to theorize the reigning regime of power of the twenty-first century, based on personal data and the standardization of the human psyche. Finally, the fourth and final chapter of this research analyzes the notion of truth as described by Michel Foucault in The Courage of Truth. In the Greek notion of parrhēsia, and especially in its platonic development, Foucault identifies the homogeneity of a truth system based on a hierarchization of ethics. The reversal of this system by the Cynics into an assumed bestiality is crucial to this thesis as it opens new territories of existence and truth. In sum, the Cynic reversal permits us to conceive of a free existence, outside of a regime of truth that desubjectivates and homogenizes.

Les sirtuines sont une famille conservée de déacétylases NAD+-dépendantes qui sont impliquées dans divers processus. Les humains possèdent 7 sirtuines (SIRT1-7) qui jouent un rôle dans plusieurs voies cellulaires, tandis que la levure Saccharomyces cerevisiae possède 5 membres (Sir2, Hst1-4) qui influencent plusieurs voies comme le cycle cellulaire ou le vieillissement. Une absence d’activité des sirtuines mène toutefois à des défauts de croissance, une thermosensibilité et l’apparition de dommages spontanés à l’ADN par des mécanismes mal élucidés. Pour mieux caractériser ce phénomène, ce mémoire met en lumière certains résultats venant d’un crible chimiogénétique réalisé par traitement au nicotinamide (NAM), un pan-inhibiteur des sirtuines. Nos résultats indiquent que le NAM entraîne chez la levure Saccharomyces cerevisiae une forte activation des voies de réponses aux dommages à l’ADN, et que les défauts de croissance sont principalement dus à l’hyperacétylation de la lysine 56 de l’histone H3 (H3K56), une modification post-traductionnelle qui est renversée par les sirtuines Hst3 et Hst4. Lors d’hyperacétylation de H3K56, la protéine Slx4 et le complexe PP4 sont requis pour la croissance de la levure en modulant les niveaux d’activation de la kinase Rad53 lors de la RDA. Également, certains résultats préliminaires inclus dans ce mémoire mettent en évidence un rôle de l’activité des sirtuines dans la régulation de la recombinaison homologue, l’une des voies de réparation de l’ADN. Ensemble, nos résultats suggèrent que la déacétylation des histones par les sirtuines permet de moduler la réponse aux dommages à l’ADN en présence de stress réplicatif. Sirtuins are a conserved family of NAD+-dependent deacetylases that are involved in various processes. Humans have seven sirtuins (SIRT1-7) and play a role in several cellular pathways, while the budding yeast Saccharomyces cerevisiae has 5 members (Sir2, Hst1-4) and influence several pathways, such as the cell cycle or aging. Lack of sirtuin activity however leads to growth defects, thermosensitivity and spontaneous DNA damage by poorly understood mechanisms. To further characterize this phenomenon, this thesis highlights results obtained from a chemogenetic screen realized by treatment with nicotinamide (NAM), a pan-inhibitor of all sirtuins. Our results indicate that NAM causes strong activation of DNA damage-induced signaling in budding yeast Saccharomyces cerevisiae, and that growth defects are mainly due to histone H3 lysine 56 (H3K56) hyperacetylation, a post-translational modification reversed by sirtuins Hst3 and Hst4. During H3K56 hyperacetylation, the Slx4 protein and PP4 complex are both required for yeast growth by modulating the activation levels of Rad53 kinase during the DDR. Also, preliminary results included in this thesis highlight that proper regulation of homologous recombination, one of DNA repair pathways, is essential for growth in the presence of NAM-induced sirtuin inhibition. Together, our results suggest that chromosome-wide histone deacetylation by sirtuins can modulate DNA damage response in presence of replicative stress.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Il est difficile d'imaginer des entreprises modernes sans analyse, c'est une tendance dans les entreprises modernes, même les petites entreprises et les entrepreneurs individuels commencent à utiliser des outils d'analyse d'une manière ou d'une autre pour leur entreprise. Pas étonnant qu'il existe un grand nombre d'outils différents pour les différents domaines, ils varient dans le but de simples statistiques d'amis et de visites pour votre page Facebook à grands et sophistiqués dans le cas des systèmes conçus pour les grandes entreprises, ils pourraient être shareware ou payés. Parfois, vous devez passer une formation spéciale, être un spécialiste certifiés, ou même avoir un diplôme afin d'être en mesure d'utiliser l'outil d'analyse. D'autres outils offrent une interface d’utilisateur simple, avec des tableaux de bord, pour satisfaire leur compréhension d’information pour tous ceux qui les ont vus pour la première fois. Ce travail sera consacré aux outils d'analyse Web. Quoi qu'il en soit pour tous ceux qui pensent à utiliser l'analyse pour ses propres besoins se pose une question: "quel outil doit je utiliser, qui convient à mes besoins, et comment payer moins et obtenir un gain maximum". Dans ce travail je vais essayer de donner une réponse sur cette question en proposant le système de recommandation pour les outils analytiques web –WARES, qui aideront l'utilisateur avec cette tâche "simple". Le système WARES utilise l'approche hybride, mais surtout, utilise des techniques basées sur le contenu pour faire des suggestions. Le système utilise certains ratings initiaux faites par utilisateur, comme entrée, pour résoudre le problème du “démarrage à froid”, offrant la meilleure solution possible en fonction des besoins des utilisateurs. Le besoin de consultations coûteuses avec des experts ou de passer beaucoup d'heures sur Internet, en essayant de trouver le bon outil. Le système lui–même devrait effectuer une recherche en ligne en utilisant certaines données préalablement mises en cache dans la base de données hors ligne, représentée comme une ontologie d'outils analytiques web existants extraits lors de la recherche en ligne précédente. It is hard to imagine modern business without analytics; it is a trend in modern business, even small companies and individual entrepreneurs start using analytics tools, in one way or another, for their business. Not surprising that there exist many different tools for different domains, they vary in purpose from simple friends and visits statistic for your Facebook page, to big and sophisticated systems designed for the big corporations, they could be free or paid. Sometimes you need to pass special training, be a certified specialist, or even have a degree to be able to use analytics tool, other tools offers simple user interface with dashboards for easy understanding and availability for everyone who saw them for the first time. Anyway, for everyone who is thinking about using analytics for his/her own needs stands a question: “what tool should I use, which one suits my needs and how to pay less and get maximum gain”. In this work, I will try to give an answer to this question by proposing a recommender tool, which will help the user with this “simple task”. This paper is devoted to the creation of WARES, as reduction from Web Analytics REcommender System. Proposed recommender system uses hybrid approach, but mostly, utilize content–based techniques for making suggestions, while using some user’s ratings as an input for “cold start” search. System produces recommendations depending on user’s needs, also allowing quick adjustments in selection without need of expensive consultations with experts or spending lots of hours for Internet search, trying to find out the right tool. The system itself should perform as an online search using some pre–cached data in offline database, represented as an ontology of existing web analytics tools, extracted during the previous online search.

The authors consider unit root tests that allow a shift in trend at an unknown time. They focus on the additive outlier approach but also give results for the innovational outlier approach. Various methods of choosing the break date are considered. New limiting distributions are derived, including the case where a shift in trend occurs under the unit root null hypothesis. Limiting distributions are invariant to mean shifts but not to slope shifts. Simulations are used to assess finite sample size and power. The authors focus on the effects of a break under the null and the choice of break date. Copyright 1998 by Economics Department of the University of Pennsylvania and the Osaka University Institute of Social and Economic Research Association.